L’any 1926 s’integrà en el consorci IG Farbenindustrie AG, del qual sortí un cop acabada la Segona Guerra Mundial. Ha fabricat i comercialitzat nombrosos medicaments de gran difusió, el més conegut dels quals és l’aspirina (1897). Els anys 2002-03 es reorganitzà i creà diverses subdivisions, entre d’altres, Bayer Crop Science AG (productes fitosanitaris); Bayer Chemicals AG (productes químics), que el 2004 constituí la companyia independent Lanxess; Bayer HealthCare AG (medicaments), i Bayer Material Science AG (polímers), la qual el 2015, amb el nom de Covestro, esdevingué també independent. Pionera en diversos camps, com ara el dels anticonceptius, els anticoagulants, els analgèsics, els herbicides, etc., és una de les primeres empreses mundials del sector químic. Al final de la primera dècada del segle XXI ocupava més de 100.000 treballadors arreu del món i la facturació del grup superava els 36.500 milions d’euros. Controla un gran nombre d’empreses, tant filials com adquirides, entre les quals hi hagué la companyia de productes fotogràfics AGFA-Gevaert, que entre el 1987 i el 1999 formà part de Bayer; o les seccions de productes fitosanitaris d’Aventis (2000), de medicaments sense prescripció mèdica de Roche (2005) i de Merckx (2014) o el 100% de la farmacèutica Schering (2006). Al setembre del 2016 l’empresa agrícola de productes transgènics Monsanto acceptà l’oferta d’adquisició de Bayer per 66.000 milions de dòlars (uns 60.000 milions d’euros).
Establerta a l'Estat espanyol des del 1899, Bayer estigué present a Catalunya primer com a representació (1921) i després a través d’Unicolor SA (1924, antiga Lluch i Cia, del 1911), empresa dissolta el 1991. El 1966 Bayer creà les seves pròpies empreses: Bayer Hispania Comercial, Bayer Hispania Industrial (que absorbí l’anterior el 1993 i que el 1998 esdevingué Bayer Hispania SA), amb fàbriques al Prat de Llobregat (1967) i Tarragona (1971, que el 2015 passà a Covestro, empresa sorgida de Bayer), i la filial Química Farmacéutica Bayer, amb fàbrica a Barcelona; al País Valencià Bayer Crop Science té centres a Quart de Poblet i Paterna. Té un gran nombre d’empreses participades, moltes de les quals acabà absorbint totalment o controla a través d’una participació majoritària, com ara la Química Comercial Farmacèutica SA (que el 1972 canvià el nom pel de Química Farmacèutica Bayer SA i el 1981 fou absorbida totalment), Productos Electrolíticos SA, Fabricación Nacional de Colorantes, Nemrod-Metzeler SA, etc. El 2001, a Sant Joan Despí, establí Euroservices Bayer SL, que controla la gestió financera del grup en diversos països europeus, als quals, a partir del 2013, s’afegiren alguns països llatinoamericans.