Era fill del tercer duc borgià de Gandia Joan de Borja i Enríquez. A la mort del seu pare (1543) regí el ducat de Gandia per encàrrec del seu germanastre Francesc de Borja i d’Aragó, aleshores lloctinent de Catalunya. El 1545 fou confirmat com a mestre de Montesa per la intervenció del rei (orde de Montesa). Fou capità general de Tilimsen i Tunis (1567) i alcaid d’Orà i de Massalquivir, ciutats que fortificà. El 1571 retornà a la península Ibèrica i renuncià (1587) al maestrat de Montesa a favor de la corona, tot i que es reservà el títol fins a la mort. La seva preocupació principal durant la lloctinència de Catalunya fou la persecució de bandolers, contra els quals mobilitzà sometents. Poeta, fou elogiat per Cervantes i per Gil Polo; Jaume Falcó li dedicà unes poesies llatines, i Francesc Garrido, la seva traducció castellana de l'Orlando innamorato de Boiardo (1577).