La disgregació del gran estat de Kitara donà lloc, al començament del s. XVII, a la formació dels regnes hima de l’actual territori d’Uganda: Bunyoro, Ankole, Toro i Buganda. El regne de Buganda, compost ètnicament pels baganda i els invasors hima, era governat pel kabaka , o rei, el primer dels quals s’anomenà Kinton. Després de dos segles d’hegemonia de Bunyoro, el kabaka , Mutesa I, arribat al poder a Buganda el 1860, organitzà un exèrcit poderós i una flota lacustre, amb els quals inicià una política expansionista, i s’establí d’aquesta manera el perllongat predomini de Buganda damunt la regió. Però l’anomenada de Mutesa I atragué l’atenció dels exploradors blancs John Hanning Speke i David Grant (1862) i David Livingstone (1875). El tractat de Helgoland (1880) posà el país sota la influència britànica, i el 1894 fou convertit en protectorat i constituí la plataforma de l’expansió britància. El 1897 s’integrà en el protectorat d’Uganda. La relació de predomini de Buganda es mantingué al llarg del s. XX, i es reflectí encara en l’organització administrativa i política de la Uganda independent, predomini reforçat per la donació de terres, fetes per les autoritats colonials als senyors feudals de Buganda, com a premi a llur fidelitat. L’esperit anticolonialista d’Uganda, manifestat ja en la resistència al protectorat, prengué nou alè després de la Segona Guerra Mundial, i el 1945 es produí a Buganda una vaga general, seguida d’una repressió ferotge. Els senyors feudals de Buganda s’oposaren al primer moviment independentista, però quan aquest tingué prou força propugnaren la secessió del regne de Buganda (1960), sense èxit. En proclamar-se l’autonomia d’Uganda (març del 1962), els senyors feudals obtingueren el reconeixement de l’estatut federal del nou estat i de la monarquia del kabaka . Mutesa II continuà lluitant per la defensa del predomini polític de Buganda, i per l’octubre del 1963 fou elegit president de la república federal d’Uganda, càrrec que exercí, sense deixar d’ésser kabaka de Buganda, fins que el primer ministre Milton Obote el destituí (març del 1966). Mutesa II, trenta-cinquè kabaka , restà reduït al regne autònom de Buganda, integrat dins la federació, en el qual governà juntament amb un parlament (Lukiko) de cent membres fins al maig del 1966, que fou obligat a abandonar el país, i anà a Londres, on demanà asil polític. D’acord amb una nova constitució, aprovada pel setembre del 1967, que abolia l’estructura federal de l’estat, Buganda desaparegué com a entitat política autònoma. L’estat d’emergència ha estat aplicat diverses vegades per tal d’impedir la restauració de Mutesa. Fins el 1985, la regió estigué compresa en les províncies ugandeses de Buganda del Nord i Buganda del Sud.