Neix a la Cordillera Oriental, Colòmbia, i a l’altura de Puerto Leguízamo rep per l’esquerra el Caguán. Entra a la plana de l’Amazones salvant els últims contraforts de la cadena andina per mitjà de ràpids i cascades fins a Araracuara, on rep per l’esquerra el Yarí. Prop de la frontera amb el Brasil rep per l’esquerra el riu Apaporis i pren el nom de Japurá. Desemboca prop de Tefé, Brasil.