El 1861, les seves incursions aconseguiren d’expulsar una gran part de la població blanca d’Arizona, però l’any següent, amb el restabliment de les comunicacions entre les costes Est i Oest, l’exèrcit inicià una guerra d’extermini a la qual Cochise resistí fins el 1872, any en què es rendí i en què els apatxes foren concentrats en reserves.