Les notícies més antigues del monestir són del segle X. Té una data anterior un suposat precepte de Carles el Calb atorgat a favor del monestir i en contra del comte Alaric d’Empúries. Segons aquest document, del 844, conservat en una còpia del segle XIII, els germans Libenci i Assinari en temps de Carlemany havien expulsat els sarraïns que ocupaven Castro Tolon (Peralada), i s’apoderaren de tot el seu territori amb les valls i muntanyes de Leocarcari —nom que també es donava antigament a la serra de l’Albera—, on fundaren un monestir dedicat a sant Quirze i sant Andreu.
Vista de l'entrada del monestir des de la part de ponent
JoMV
Al juny del 1285 el monestir de Colera fou testimoni de la invasió de Felip l’Ardit. L’estiu del 1288, Sant Quirze va patir els efectes d’una nova invasió, aquesta de Jaume de Mallorca, amb un fort contingent de tropes franceses, com ho conten els Gesta comitum Barcinonemsium. Al segle XV hi ha les primeres notícies de la progressiva decadència del cenobi, i el claustre ja mostrava ruïna. Amb els abats comendataris la davallada s’accentuà, i el 1592 fou unit a Sant Pere de Besalú. Els abats de Besalú van haver de sostenir diversos plets per mantenir en el seu poder les possessions que havien estat de Sant Quirc de Colera des dels orígens. Amb la desamortització del 1835 les propietats de Sant Pere de Besalú van ser subhastades, i les esglésies i les dependències de l’antic monestir de Sant Quirc van ser comprades pel general empordanès Ramon de Nouvilas.
De l’antic monestir es destaca, per les seves dimensions, l’església basilical. Vora seu hi ha restes d’una altra església, anterior, i hi ha, també, vestigis del claustre i de les dependències monàstiques. A l’esplanada de llevant es conserven restes de fortificació, i cal afegir encara a aquest conjunt monumental l’església romànica de Santa Maria, isolada uns 200 m a ponent d’aquest.
Vista dels absis de l'església
JoMV
L’església de Sant Quirze de Colera és de planta basilical, de tres naus, amb un transsepte que sobresurt pels costats i dóna l’obertura dels tres absis semicirculars. Bàsicament, aquesta església correspon a una reforma del segle XI, que afectà les estructures interiors, la façana i tota la capçalera de l’antiga església consagrada el 935, de la qual s’aprofitaren una gran part de les parets mestres, l’estructura de la planta i altres elements de l’obra. La porta del segle XI és formada per dos arcs de mig punt en degradació, amb llinda i l’espai del timpà reomplert amb carreuada; damunt aquesta façana hi ha un campanar de cadireta. Les tres naus de l’església són separades per pilars cruciformes als quals s’adossen les pilastres que sostenen els arcs.
Tot el que resta de l’església vella és un mur, paral·lel a la façana meridional de l’església, que té dues obertures geminades, separades per una pilastra rectangular. Els quatre arcs són de punt rodó i cada obertura té com a mainell una columna cilíndrica amb un senzill capitell trapezial o mensuliforme sense decoració esculpida. A migdia hi ha un edifici força gran, que ha servit de masia fins fa poc, que sembla que era l’antiga casa de l’abat. Aquest edifici abacial pertany probablement als segles XIV i XV, però fou alçat sobre un mur del segle XI. L’església ha estat objecte de diversos treballs de restauració.
A l’esplanada que queda darrere els absis de la basílica hi ha restes de fortificacions que delimiten un recinte que enllaçava amb el conjunt d’edificis monàstics.