El seu origen fou un simple comitè del Consell de Castella (1519), però ja el 1524 fou creat el Consell Reial i Suprem de les Índies. Per a les Índies actuava alhora com a tribunal suprem d’apel·lació, com a consell assessor de la corona i com a organisme directiu dels afers colonials. Durant el regnat de Felip II es componia d’un president, set o nou consellers, un fiscal, un secretari, tres relators, quatre comptadors, un receptor, dos escrivans de cambra, un algutzir de cort, un cronista major, un cosmògraf major i uns quants funcionaris menors; l’emperador Carles creà, el 1528, el càrrec de gran canceller d’Índies. Les primeres ordenances del consell foren les Leyes Nuevas de 1542-43 . El 1571 foren aprovades unes noves Ordenanzas del Consejo , que el 1636 Felip IV féu modificar. Dependents del consell, la Junta de Guerra d’Índies, creada el 1597, tenia cura de la defensa de les colònies, i la Cambra d’Índies, creada el 1600, proveïa els càrrecs públics i eclesiàstics. Durant el s XVIII fou dividit en dues sales (una de govern i una de justícia) i restà sota el control de la Secretaria d’Índies, fet que en minvà molt l’autoritat i la importància. Les corts de Cadis (1812) el suprimiren definitivament. Malgrat la burocratització i la lentitud, fou un òrgan eficient i objectiu, dotat d’un fort esperit jurídic i d’una gran continuïtat en els principis colonitzadors.