Creat per llei de 19 de desembre de 1984, és el continuador de l’organisme homònim que es creà l’any 1978. Hi són representades totes les universitats de Catalunya i els seus consells socials, així com els estudiants. Entre les seves atribucions, cal esmentar l’aprovació de les taxes acadèmiques i l’oferta de places de tot el districte universitari català (establert el 1985) i la coordinació de les proves d’accés a la universitat (1987). Són preceptives però no vinculants les seves resolucions sobre la creació de nous títols o universitats. La llei 15/1998 adaptà el funcionament del Consell Interuniversitari a les noves necessitats sorgides en l’ensenyament superior i desenvolupà el marc de coordinació interuniversitari, en el qual el Consell es configurà com l’òrgan de consulta i assessorament del govern de la Generalitat sobre el sistema universitari a Catalunya i també com l’instrument per a la seva coordinació.