Fou president del consell de Castella (1565), inquisidor general (1566), cap del consell d’estat i del consell privat. Bisbe de Sigüenza (1566), fou nomenat cardenal el 1568. Aconsellà una política moderada als Països Baixos, en contra de l’opinió del duc d’Alba, però preconitzà la publicació d’un decret (1566-1567) que provocà la revolta dels moriscs (1568-1570).