De confessió cristiana, la seva família fugí de la ciutat natal arran de la fundació de l’estat d’Israel (1948). Posteriorment estudià medicina, però de molt jove s’involucrà en els grups palestins antiisraelians d’inspiració panarabista i marxista, que hostilitzaven el nou estat. El 1967, després de la derrota àrab de la guerra dels Sis Dies fundà el Front Popular per a l'Alliberament de Palestina (FPAP), que encapçalà, basada en tàctiques insurreccionals i en el terrorisme. El segrest de diversos avions occidentals a Jordània provocà l’expulsió del FPAP i altres organitzacions d’aquest país (1970). Refugiat al Líban i posteriorment a Síria, propugnà la internacionalització de les accions terroristes amb grups afins, com ara el Baader Meinhof alemany o l’Exèrcit Roig japonès. Mantingué una rivalitat permanent amb Yasser Arafat i, al contrari d’aquest, s’oposà rotundament a cap mena de negociació, directa o indirecta, amb Israel, motiu pel qual condemnà les negociacions que culminaren el 1993 en els acords de pau d'Oslo. Al llarg dels anys següents, el FPAP esdevingué cada cop més marginal entre els palestins, i l’any 2000 Habash en perdé el lideratge.