Fill de William Jackson Hooker (1778-1865) —primer director del jardí botànic de Kew, que convertí en el més important del món—. Acompanyà James Ross en el seu viatge de l’Antàrtic (1839-43) i féu altres viatges d’exploració a l’Índia i el Tibet (1847), el Marroc (1871), i travessà l’Amèrica del Nord (1877). El 1865 succeí el seu pare com a director dels Kew Gardens, càrrec que ocupà fins el 1885. Fou president de la Royal Society (1872-77). Juntament amb Georges Bentham publicà el monumental Genera Plantarum (1862-83) i inicià la publicació dels Index Kewensis, registre de tots els noms de plantes, publicats i descrits independentment de tota consideració sobre legitimitat o prioritat dels noms registrats.