Aquells mateixos anys començà a funcionar la casa d’expòsits. Era administrat per un canonge, dos regidors municipals i un diputat de clavaries. Es cremà el 1545. El 1664 fou ampliada l’antiga estructura amb tres naus per al servei de cirurgia. El 1790 hi fou afegit un establiment per a convalescents. El 1827 la cura interior de l’hospital fou confiada a les filles de la caritat. Perduts els béns propis i esdevingut hospital provincial (amb motiu de la divisió del 1833), passà a dependre econòmicament de la diputació provincial ajudada per una junta filantròpica. L’hospital fou utilitzat per a pràctiques mèdiques el temps que tingué al costat l’edifici de la facultat de medicina. La secció de dements passà (1856) a l’antic convent de Santa Maria de Jesús, on restà com a manicomi. La xarxa primera d’edificis (començada el 1494) fou abandonada i en bona part assolada en ésser traslladat l’hospital (1962) a unes instal·lacions noves, situades als afores.