És situat al parc de Montjuïc. Té laboratoris, biblioteca, arxiu, sala de conferències i un herbari; inclou el Gabinet Salvador, declarat bé cultural d’interès nacional el 2014. És centre d’investigació i de divulgació. D’ençà del 1946 edita anualment la revista Collectanea Botanica. És dirigit per Teresa Garnatje (des del 2015), que fou precedida en el càrrec per Pius Font i Quer (1934-39), Antoni de Bolòs (1944-59), Oriol de Bolòs (1965-85), Josep M. Montserrat i Martí (1986-2004), Alfonso Susanna (2005-13) i Valentí Rull (2014). Des del 2003 ocupa un nou edifici, projectat per Carles Ferrater, situat dins el Jardí Botànic de Barcelona. Des de l’any 1998 és un centre mixt format pel Consell Superior d’Investigacions Científiques (CSIC) i l’Ajuntament de Barcelona, a través del Museu de Ciències Naturals.