El 1474 presidí a Barcelona, en nom del seu pare, la cort general del Principat de Catalunya. Concertat el seu matrimoni amb el rei Ferran I de Nàpols (1477), passà a residir a aquesta ciutat, on exercí diverses vegades el càrrec de virreina, tant de Ferran I com, mort aquest (1494), dels successors. El 1499 se n'anà a la cort del seu germà Ferran II de Catalunya-Aragó. Fou nomenada (1501) lloctinent general de la corona catalanoaragonesa, i el 1505, lloctinent de València, on havia fixat des del 1501 la residència, juntament amb la seva filla Joana, vídua del rei Ferran II de Nàpols, fins que el 1506 ambdues Joanes, conegudes amb el nom de les Tristes Reines, tornaren definitivament a Nàpols amb el seguici de Ferran II i de Germana de Foix. Voltada sempre d’una cort galant i fastuosa, ja en la primera estada a Nàpols la seva presència havia accentuat, en els cercles cortesans, la penetració lingüística i cultural castellana; en tornar-hi el 1506, acompanyada de bona part dels seus cortesans valencians, aquests no escaparen a aquesta influència i en tornar, més tard, a València constituïren un dels primers camins de penetració del castellà entre l’alta aristocràcia valenciana.