Primitivament rebé el nom de Vilanova, i fou dedicat també a sant Pere, sant Llorenç i sant Joan. Esmentat ja el 849, sembla que el seu abat Trascari (o Trascald) el fundà el 839, en reorganitzar-se el bisbat d’Urgell. El 939 depenia del bisbe Ató de Pallars i tenia 12 comunitaris. El 950 consta com a monestir benedictí (el 947 hom li havia concedit l’església de Sant Joan de Viu per fundar-hi un monestir benedictí). Al començament del s XI sofrí intrusions laiques, especialment dels senyors d’Erill. El 1064 el comte Artau I de Pallars Sobirà el permutà amb Ramon IV de Pallars Jussà pels de Sant Pere d’Àneu, Sant Pere del Burgal i Sant Pere de les Maleses. En aquesta època el canonge d’Urgell i Roda, Ramon, el transformà en canònica. El 1100 el papa Pasqual II confirmà la seva possessió al bisbat de Roda. Sota la protecció dels Erill es renovà el temple i claustre al llarg del s XII. El bisbe de Lleida Berenguer d’Erill el convertí en monestir cistercenc (l’aprovació papal és del 1223), cosa que permeté la seva unió com a filial amb el monestir de Bonafont. A partir d’aleshores, i fins el 1624, tingué una gran vitalitat, i fou regit per abats perpetus. El seu territori fou considerat del bisbat de Lleida, com a successor del de Roda. A partir del 1624 entrà en la congregació cistercenca, i els abats foren triennals. Amb tot, es mantingué encara amb vitalitat (tretze monjos i tres llecs) fins a l’exclaustració del 1835, que restà abandonat i la casa fou saquejada.