Geològicament presenta una clara diferència entre ambdues vores; la del NE és una formació paleozoica d’esquists i gresos molt plegats, de colors foscs; al SW presenta sediments horitzontals terciaris (Miocè) de roques calcàries blanquinoses amb conglomerats intercalats. El flanc NE és molt retallat i de costa baixa, llevat de la península o punta de la Mola, que acaba amb el penya-segat de la punta de s’Esperó, on els materials terciaris cavalquen sobre els esquists. Una doble falla originà, a més de l’escotadura ocupada per la mar, els illots d’en Pintot o l’ Arsenal, de l’Hospital o del Rei, de ses Rates (dragat el 1931) i s’Illeta. Entre la Mola i l’expenínsula des Berberí o de Llatzeret hi ha la cala Teulera, que des del 1900 comunica amb la cala de Sant Jordi per un petit canal artificial. Més al NW, cala Llonga s’endinsa fins a 500 m; segueixen les de sa Partió, de Sant Antoni i Rata i l’Estació Naval, que inclou l’Arsenal o illot d’en Pintot (que des de mitjan segle XVIII havia estat la drassana de Maó). Abans d’arribar a la colàrsega, on desemboca el rierol del Gorg, que marca la divisòria dels terrenys, hi ha encara l’indret dit sa Vinyeta o s’hort d’en Murillo i la riba artificial des Cós Nou.
La ciutat de Maó, a la vora meridional, dalt un penya-segat calcari de 40 m alt., s’estén des del passeig de s’Hort Nou. Sota, a l’antiga cala de Baixamar, hi ha l’accés principal a la ciutat, els molls comercials i de passatgers, els edificis de la duana, l’estació marítima i magatzems. Segueixen els molls de Llevant fins a sa Punta; cala Figuera divideix els termes de Maó i des Castell. La riba artificial abasta fins al Fonducó, petita cala seguida per les del Repòs del Rei i de ses Fontanilles, on comença la zona urbana des Castell (on el penyal ja només té 10 m alt.). Continuen la costa cala Corb i cala Esfonts, la cala Padera o Pedrera i l’indret dit es Pouet, embarcador de l’antiga vila de sa Raval de Sant Felip. Forma el límit meridional de la boca del port la punta de Sant Carles ( fort de Sant Carles), damunt la qual s’alcen les ruïnes de l’antic castell de Sant Felip. La línia de major profunditat varia de 20 a 8 m, a l’últim indret navegable de la colàrsega.