Entrà a l’orde el 1673. Rebé el nom religiós d’Antoni Margil de Jesús. Tot just després de ser ordenat, el 1682, anà a Nova Espanya (Mèxic) amb el grup de religiosos reclutats pel missioner Antoni Llinàs i arribà al Col·legi Apostòlic de Missions de la Santa Cruz de Querétaro. Molt caminador, fou conegut amb el sobrenom d' El Andariego . En el seu treball de missions va recòrrer milers de kilòmetres a peu, predicant a nombrosos pobles de Mèxic, Centramèrica i Texas. El 1684 emprengué la primera expedició de missions al Yucatán, i, més tard, a Guatemala, acompanyat pel missioner Melchor López. Malalt, en aquest darrer viatge, fou atès pels indis i pogué predicar a l’actual estat mexicà de Chiapas i després a Guatemala. També predicà a El Salvador, Nicaragua i Costa Rica. A diferència del costum generalitzat d’ensenyar a resar en castellà, feia recitar les pregàries en llengües indígenes, recollides en un llibret anomenat Alabado , ja existent i d’autor desconegut. Amb els seus companys missioners, consolidà a Verapaz i als voltants la religió catòlica, ja que els seus habitants havien tornat a les creences autòctones. Entre els grups indis d’evangelització, cal esmentar la predicació entre els choles i els indis de Chiapas al voltant de la selva Lacandona. L’experiència a Chiapas fou difícil, fins i tot fou retingut i després expulsat del territori. L’any 1694 tornà a Guatemala, on, amb altres frares, fundà el Col·legi Apostòlic de Guatemala. Mentre estava entre els choles , fou convidat, el 1695, com a capellà pel president de la Reial Audiència de Guatemala per fer una expedició, amb elsuport d’un contingent militar de 600 homes, amb l’objectiu de sotmetre els pobles lacandons. Ocupat i sotmès un poble lacandó, li donà el nom de Nuestra Señora de los Dolores. Hi aprengué les llengües indígenes, a les quals traduí la major part del catecisme. El 1697 anà al Col·legi Apostòlic de Missions de Santa Cruz de Querétaro, del qual fou superior. El 1701 tornà a Guatemala, on, prèviament autoritzat, fundà el Col·legi Apostòlic Crist Crucificat, del qual fou primer guardià. El 1703 continuà el seu treball de missions fins arribar a territori de Nicaragua. Posteriorment, dirigí sis anys el Col·legi Apostòlic de Zacatecas, fins el 1713. Recorregué els actuals estats mexicans de Coahuila i Nuevo León. El 1716 anà amb una expedició missionera a Texas, on fundà cinc missions, entre altres la de San Miguel, entre els indis adais i la de Nuestra Señora de los Dolores, entre els oyis , i també les de San José i Nuestra Señora del Espíritu Santo. Malgrat la invasió dels francesos, mantingué les institucions des del càrrec de president de missions. Nomenat superior del Col·legi Apostòlic de Zacatecas, deixà Texas, però el 1722, tornà a peu, malgrat la gran distància. Encara, a edat molt avançada, féu un viatge a a la ciutat de Mèxic per demanar al virrei més atenció a les missions de Texas. Fou un dels missioners més famosos i més dinàmics del seu temps i de l’etapa de la colonització americana. Té introduït el procés de canonització.