Inicialment fou una organització caritativa, orientada sobretot a difondre els valors de l’islam. S’estengué per tot Egipte i transmeté el seu missatge a través d’una xarxa de mesquites, que poc després es difongué fora d’Egipte. Aviat es polititzà i esdevingué obertament contrària a les autoritats britàniques, i també a l’adquisició de terres del moviment sionista, motiu pel qual cap a la segona meitat dels anys trenta creà una facció armada clandestina, partidària del gihad, a desgrat de la inclinació pacífica del fundador. A causa de la intensificació dels atemptats i del gran ressò obtingut per la creació de l’Estat d’Israel, que amenaçava superar el mateix Estat, els Germans Musulmans foren prohibits el 1948, i l’any següent Al-Bannā’ fou assassinat.
En guanyar el Wafd les eleccions, l’organització fou de nou autoritzada (1951), fins que els seus membres foren culpats d’un atemptat contra Nasser (1954). El 1966, el seu principal ideòleg, Sayyid Quṭb fou executat, cosa que repercutí en un ulterior creixement de l’organització i en la consolidació del seu missatge, centrat en la creació d’un estat islàmic. Malgrat haver participat en la guerra del 1967, foren prohibits durant l’obertura política promoguda pel president Sadat i animaren l’agitació integrista islàmica que li costà la vida (1981).
Sense perdre el seu caràcter il·legal, des dels anys vuitanta han donat suport a partits ideològicament diferents: des del centredretà Neo Wafd fins al Partit Laborista i al Partit Liberal, a través dels quals han aconseguit representació al Parlament, o bé com a independents. Declarats partidaris del sistema democràtic i alhora de la xaria, rebutgen l’acció armada per a assolir els seus objectius. Acusats d’alimentar la rebel·lió social i les revoltes, el govern controlat pel Partit Nacional Democràtic de Ḥusnī Mubārak persegueix de manera intermitent els seus dirigents, entre els quals hi ha Muḥammad Badīʿ, el líder des del 2010. El gener del 2011 els Germans Musulmans foren una de les organitzacions que secundaren la gran revolta popular contra el règim de Mubārak. Enderrocat aquest el febrer del mateix any, el gener del 2012 guanyaren les eleccions legislatives, i al juny Muḥammad Mursī guanyà les eleccions presidencials. L’aprovació en referèndum d’una nova constitució de fort accent islamista al desembre comportà una nova onada de revoltes de l’oposició. Al cap d’uns mesos (juliol del 2013) l’exèrcit deposà Mursī, amb la qual cosa els Germans Musulmans foren apartats del poder després de poc més d’un any. La deposició de Mursī comportà una onada de violència els mesos següents, al setembre els tribunals prohibiren qualsevol activitat pública dels Germans Musulmans i en congelaren els béns, i al desembre el nou govern els declarà grup terrorista. La seva exclusió fou reforçada amb la nova Constitució aprovada el gener del 2014, que prohibia explícitament els partits basats en la religió. Mursī, per la seva banda, fou sotmès a judici, juntament amb altres líders de l’organització.
A Síria, on han aconseguit una considerable implantació des dels primers anys quaranta del segle XX, els Germans Musulmans han estat perseguits pel règim laic de Ḥāfiẓ al-Assad, el qual el 1982 esclafà durament una revolta de la secta, i pel seu fill Bašār al-Assad, que ha mantingut una política més fluctuant, mentre que a Jordània, on són presents des dels primers anys quaranta del segle XX, el 1992 constituïren el partit polític Front d’Acció Islàmica, el més important de l’oposició del regne.
Als territoris palestins, els Germans Musulmans són en general reconeguts com un dels grups que donaren origen a Hamàs i, al Sudan, on tenen presència estable des del 1949, han estat liderats per Ḥasan al-Turābī, fundador de l’organització que, sota el nom de Front Nacional Islàmic, contribuí decisivament al cop d’estat del president al-Bašīr i al règim implantat per ell. A la segona meitat dels anys noranta crearen l’oficialista Partit Nacional del Congrés (PNC).