S'enemistà amb el clergat de Marduk i amb una gran part dels seus súbdits en patrocinar el culte de Sin, déu de Harran, d’on Nabonid o Nabu-na'id era originari. Incorporà a l’imperi una part d’Aràbia (conquesta del Ḥiǧāz). Per causes ignorades, nomenà el seu fill Baltasar governador de Babilònia i romangué deu anys a Taima (Aràbia), quan el perill persa era ja evident. El 539 aC Cir penetrà a Mesopotàmia i Nabonid tornà a Babilònia, però la desafecció dels seus súbdits féu caure la ciutat i el regne en poder del capitost persa.