Fou fundada per Tuthmosis III al segle XV aC prop de Ǧabal Barka, la “muntanya pura o santa” dels texts faraònics. Bé que mai no fou seu de l’administració egípcia a l’Alta Núbia, Napata, que constituïa en certa manera el límit sud de les seves possessions a la regió, gaudí sempre d’un prestigi pel fet de ser el centre de culte del déu Amon més important de Núbia. Conservà aquesta condició durant el període del regne de Kuš (~750 aC-~350 dC), època en què fou, segurament, la capital durant un quant temps i, en qualsevol cas, lloc obligat de l’entronització dels reis. A partir, probablement, del segle IV aC Napata perdé importància respecte a Meroe, si bé mantingué el seu caràcter de vila sagrada.
Fou saquejada en dues ocasions (el 593 aC, quan les tropes grecoegípcies de Psammètic II derrotaren les cuixites d’Aspelta, i el 23 aC per l’exèrcit romà de Publi Petroni, prefecte d’Egipte), la qual cosa pot explicar que no quedin restes de la ciutat. Subsisteixen, però, les seves necròpolis: Kurru, la més antiga (~760-653 aC), amb les tombes, entre d’altres, dels primers sobirans del regne de Kuš, que formen la dinastia XXV egípcia o “etiòpica” (Piy o Piankhy, Šabako, Šebitku i Tanwetamani); Nuri (690-~300 aC), que comprèn 58 tombes, entre les quals excel·leixen les piràmides de Taharqa i d’altres vint-i-un sobirans cuixites (d’Atlanersa a Nastaseñ); Sanam Abū Dom (~750-425 aC), amb 1.500 tombes de la gent del comú, i, finalment, Ǧabal Barkal, on s’aixequen algunes piràmides de final del segle IV aC.
A més d’aquestes necròpolis, en aquest últim lloc es conserven les restes de diversos temples, entre els quals destaca el dedicat a Amon-Ra, que fou construït durant la dinastia XVIII, ampliat durant la XIX per Sethi I i Ramsès II i restaurat per Piy o Piankhy i Taharqa. Napata ha estat excavada per una expedició conjunta de les universitats de Harvard i Boston (1916, 1918, 1919), dirigida per G.A. Reisner.