Les restes més importants són del període predinàstic o eneolític, classificades en Naqāda I o Amratià i Naqāda II o Gerzeà. La gran riquesa del jaciment (tombes i objectes) permeté a F. Petrie, l’excavador (1895), d’establir el sistema de cronologia relativa dit Sequences Dates (S.D.), i ha donat nom, així mateix, a una època i a un tipus de cultura (naqādiana). Són importants també les restes del període arcaic, ja històric, trobades per J. de Morgan el 1897. Consisteixen fonamentalment en tombes de la dinastia I (3100-2890 aC), entre les quals es destaca la mastaba de maó (54 metres de llarg per 27 d’amplada), atribuïda per uns a Menes i per uns altres a Neithḥotep, muller d’Aḥa, successor de Menes. La paret exterior, en la qual alternen projectures i recessos, ha donat nom a una classe de mastaba (tipus Naqāda).