Consta de dos llibres d’aforismes sobre la interpretació de la natura i el regne de l’home, que formaven la segona de les cinc parts en què és dividida la Instauratio Magna. Precedit d’una autobiografia intel·lectual, el Novum Organum inclou una crítica de l’especulació i dels procediments deductius tradicionals i la famosa doctrina dels ídols, contra els prejudicis i les supersticions que impedeixen un coneixement objectiu del real.