Les valls de Núria són esmentades ja el 1087, any en què Guillem de Cerdanya autoritzà el monestir de Ripoll a pasturar-hi el bestiar. El santuari té l’origen en la marededéu trobada a les Valls de Núria, i està relacionada amb Sant Gil, el qual té també llocs de devoció i de culte a l’indret. El 1162 hi havia un hospital, per a refugi de vianants i pastors, amb la capella, dedicada a Santa Maria. Als segles XIII i XIV un prevere i un o més donats tenien cura de l’hospital i de la capella; s’hi havia fundat una confraria que rebé indulgències papals el 1162, el 1338 i el 1638.
L’hospital i la confraria posseïen béns territorials a la Cerdanya i al Ripollès. El terratrèmol del 1428 destruí la capella i l’hospici, que fou refet el 1449 per un privilegi de la reina Maria, i el 1460 pels veïns i pel rector de Queralbs, que des d’aleshores tingueren cura del santuari. La primera capella de Sant Gil, basada en la tradició, fou bastida el 1615.
Imatge de la Mare de Déu de Núria
© Fototeca.cat
El santuari fou reconstruït en 1640-48, i hi fou afegit un cambril el 1728. Contribuí a la seva popularitat l’obra de Francesc Marès Història i miracles de la sagrada imatge de Nostra Senyora de Núria, escrita poc abans del 1666 i reimpresa moltes vegades fins a la fi del segle XIX, model en el seu gènere i a la qual s’anaren afegint nous miracles a cada edició.
Modernament ha estat renovada l’església, sobretot a la part frontal. Hi ha una albergueria, amb capacitat per a 600 persones, i un hotel (160 places). El 1967 fou coronada canònicament la Mare de Déu. És considerada patrona dels pastors pirinencs (cada any se celebra un concurs de gossos d’atura) i és invocada contra l’esterilitat femenina (les dones, tradicionalment, posen el cap dins l’olla). Al novembre del 2014 el santuari rebé el títol de basílica menor.