Creat el 1542, comprenia Nova Castella (Perú), Tierra Firme (Panamà), Nova Granada (Colòmbia), Quito (Equador), Charcas (Bolívia), la conca del Riu de la Plata i Xile. El primer virrei, Blasco Núñez de Vela, hagué de recuperar l’autoritat reial a la zona i fer aplicar les noves lleis del 1542, fet que provocà una forta resistència entre els encomenderos fins el 1554. Francisco de Toledo (1569-81) organitzà l’administració del virregnat, que esdevingué el més important de l’Amèrica llatina gràcies a la seva producció d’argent, base econòmica del període colonial peruà. La capital, Lima, fou el centre cultural i eclesiàstic més notable de tota l’Amèrica del Sud fins al s XVIII. L’extensió i complexitat del virregnat en feren molt difícil l’administració i el 1739 fou creat el virregnat de Nova Granada amb seu a Bogotà. El 1776 la formació del virregnat del Riu de la Plata amb capital a Buenos Aires reduí el virregnat del Perú a les actuals repúbliques del Perú, Bolívia, Xile i l’Equador, però Xile esdevingué capitania general el 1778. El virregnat del Perú fou el darrer bastió reialista a Amèrica i desaparegué el 1824 després de la derrota d’Ayacucho, que donà el poder als independentistes.