Germà de Martín Alonso Pinzón, durant el primer viatge colombí manà la caravel·la La Niña. En 1499-1500 tornà a Amèrica i explorà el nord del Brasil, les desembocadures de l’Amazones i l’Orinoco i part de les costes centreamericanes. El 1508 tornà a les Índies amb Amerigo Vespucci, Juan de la Cosa i Juan Díaz de Solís per cercar un pas al Pacífic, que no trobaren.