Fill de Ptolemeu VIII, governà amb la seva mare Cleòpatra III, la qual aconseguí d’allunyar-lo a Xipre (107 aC) per donar el tron al germà Ptolemeu X, dit Alexandre I (~140 aC — 88 aC), el qual regnà del 107 al 88 aC, que hagué de fugir d’Egipte a causa d’un avalot. A la seva mort (88 aC), el Soter ocupà novament el tron.
Durant aquesta segona etapa es produí la revolta de la Tebaida (88-86 aC). El succeí, durant vint dies, el net Ptolemeu XI, dit Alexandre II (~100 aC — 80 aC), mort assassinat en un avalot. En el testament lliurà Egipte als romans.