Deixeble del Conservatori del Liceu de Barcelona, estudià amb J. Font i Buyé i amb Lluís Millet. El 1897 ingressà a l’Orfeó Català com a cantaire; el 1900 en fou nomenat professor auxiliar i poc després sotsdirector. El 1941, a la mort de Lluís Millet, el succeí com a director. Fou fundador i director de l’Associació d’Amics de la Música i de la seva orquestra. Donà nombroses primeres audicions d’obres de R. Strauss, de Bartók i de Mahler. Fou mestre de capella auxiliar de l’església de Sant Felip Neri de la Mare de Déu de la Mercè de Barcelona, i presidí la secció barcelonina de la Societat Internacional de Música Contemporània. Fou sotspresident de la Germanor d’Orfeons de Catalunya. Compongué un Rondó, per a piano; una Sonata en mi mayor, Vell madrigal i Una meravellosa rondalla, per a violí i piano; danses sobre temes folklòrics per a cobla: Els fadrins de Sant Boi, Els estudiants de Tolosa, El maridet i nombrosíssimes orquestracions per a cobla de ballets populars; unes quaranta sardanes per a cobla; la suite de danses Festa (1921) i l'Arlequí trapasser, per a conjunt simfònic. En el camp de la instrumentació féu una labor perfecta. És autor d’una gran quantitat de cançons originals per a cant i piano i de Dotze cançons catalanes. Les seves obres corals profanes foren Cant de maig, Cant d’alegria, Cantada de cap d’any, per a cor mixt i cobla, Sant Jordi triomfant, també per a cant mixt i cobla, Cantada de Nadal, per a cor, orgue i piano, Himne dels nois, per a cor, oboè, corn anglès i arpa; La gata i el belitre, per a quatre veus. De les seves obres corals religioses cal destacar la missa Fiat cor meum immaculatum, per a tres veus i orgue, i Salve Regina, per a dues veus i orgue. Escriví uns Goigs de Nostra Senyora de Montserrat i El cant de la Sibil·la (1918); L’obra del Cançoner Popular de Catalunya i Cromatisme, modalitat i tonalitat en les cançons populars catalanes, publicats a L’Obra del Cançoner Popular de Catalunya. Materials I i II (1928). Amb la col·laboració de Joan Amades, escriví el Diccionari de la dansa, dels entremesos i dels instruments de música i sonadors (1936). Col·laborador de la Revista Musical Catalana i de La Veu de Catalunya, Pujol fou un dels creadors del repertori coral català.