Les més importants són les que tingueren lloc a França (segle XVI) i a Alemanya (segle XVII) (guerra dels Trenta Anys). A França, el conjunt de conflictes bèl·lics que tingueren lloc entre catòlics i calvinistes (hugonot) duraren del 1562 al 1598. La política tolerant de Caterina de Mèdici, aconsellada pel canceller Michel de l’Hôpital, provocà la reacció dels catòlics, dirigits pel duc Francesc de Guisa, que iniciaren la guerra civil amb la matança de la comunitat hugonot de Vassy (1562).
Els hugonots foren dirigits per Lluís I de Borbó-Condé i per l’almirall Gaspard de Coligny. Mort Francesc de Guisa, s’arribà a la pau d’Amboise (1563), que garantia la llibertat de consciència, bé que limitava als hugonots la celebració de llur culte. La por dels hugonots a un complot catòlic internacional provocà noves hostilitats. La pau de Longjumeau (1568) no fou més que una treva i els hugonots foren derrotats a Jarnac —on morí Condé— i a Moncontour (1569). Signada la pau de Saint-Germain (1570), la matança de la Nit de Sant Bartomeu motivà la represa de la lluita armada, fins a arribar a la pau de Beaulieu (1576), en la qual Enric III reconegué la llibertat de culte als hugonots. Els catòlics, però, formaren la Lliga Catòlica, la guerra recomençà i els hugonots hagueren d’acceptar algunes limitacions a llurs llibertats (pau de Bergerac, 1577). En morir Francesc, duc d’Alençon (1584), Enric de Navarra, cap dels hugonots, esdevingué successor al tron de França, situació que provocà la guerra dita dels tres Enrics (1585-89), entre Enric de Navarra, Enric de Guisa i Enric III. Morts els dos darrers, Enric de Navarra pujà al tron amb el nom d’Enric IV i, vencent moltes dificultats, aconseguí de consolidar la seva posició, no pas sense haver de convertir-se al catolicisme. La guerra passà aleshores a ser un conflicte entre Enric IV i Felip II de Castella, que defensava els drets de la seva filla Isabel Clara Eugènia a la corona francesa, i finalitzà amb el reconeixement d’Enric IV com a rei de França per part de Felip II (pau de Vervins, 1598) i amb la promulgació de l'edicte de Nantes, que garantia la tolerància religiosa a França.