L’Oligocè que arriba fins a Figueres és recobert des d’aquesta ciutat a la mar pels al·luvions de la Muga i del Fluvià, que desemboquen al centre de la llarga platja d’Empúries que ocupa tot l’interior del golf, a 3 km un de l’altre. Havia estat una zona pantanosa, actualment en gran part dessecada i convertida en zona de conreus (en un principi d’arròs en bona part). Té una obertura de 15 km (18 a l’interior) i una profunditat de 7 km.
Antic lloc obert a les relacions marítimes; les poblacions gregues de Rodes (a la badia de Roses ) i d’Empúries establertes als dos extrems del golf han estat succeïdes per les viles i ports de Roses i de l’Escala. Entre una i altra s’estenen els termes municipals de Castelló d’Empúries i de Sant Pere Pescador.
L’any 2011 fou acceptada en el Club de les Badies més Belles del Món, una entitat francesa creada el 1997 que té com a objectius la preservació, valoració i promoció de les riqueses naturals, culturals i econòmiques que tenen les badies arreu del món.