L’emplaçament és situat en el de l’antiga mesquita major, transformada en església parroquial amb el nom de Santa Maria d’Almatà
. El 1351, iniciades les obres de la nova església parroquial de Santa Maria de Balaguer, la de Santa Maria d’Almatà esdevingué església d’una comunitat de clarisses que s’hi establí i, a la vegada, santuari de la Mare de Déu d’Almatà
. El 1626, després de dos segles de decadència, el convent fou repoblat amb clarisses observants; hom amplià l’església i traslladà a l’altar major, en presència de Felip IV, una imatge de talla del Crist molt venerada; des d’aleshores l’església esdevingué santuari i hom li donà el nom actual. L’església fou refeta, encara, el 1787; abandonat el 1835, el convent fou tornat a habitar el 1867.
Vista panoràmica del Sant Crist de Balaguer
© C.I.C.-Moià