La més important i antiga de les congregacions romanes fou fundada per Pau III (1542) per combatre el protestantisme, amb el nom de Congregació de la Suprema Inquisició (inquisició). N’és president el papa, el qual nomena directament el prefecte que encapçala l’organisme (que fins el 1965 rebé el nom de cardenal secretari), un assessor (des del 1965 anomenat secretari), un comissari amb dos inquisidors o instructors —de l’orde dominicà— i un cert nombre de qualificadors. La seva competència s’estén a totes les qüestions de fe i costums, privilegi paulí, examen de llibres, etc., i té jurisdicció sobre tots els catòlics, llevat dels cardenals.
En la reorganització de la cúria feta per Pius X (1908), li fou canviat el nom pel de Sant Ofici. Pau VI (1969) en modificà les funcions i li donà el nom actual. En depenen la Pontifícia Comissió Bíblica i la Comissió Teològica Internacional.
L’organisme ha estat al centre de les polèmiques doctrinals del catolicisme, i sovint el càrrec de prefecte ha reflectit el pes dels diversos sectors a l’interior de l’Església: així, Joseph Ratzinger (Benet XVI), prefecte durant el pontificat de Joan Pau II, el succeí l’any 2005, i al juliol del 2017 el papa Francesc nomenà prefecte el mallorquí Lluís Ladaria i Ferrer, que rellevà Gerhard Ludwig Müller, nomenat per l’anterior pontífex.