Estudià a l’Escola d’Art de la seva ciutat nadiua (1937-42). Treballà tres anys a Estocolm, on fou influït per l’obra d’E.S.Asplund. El 1946 passà sis mesos a l’estudi d’Alvar Aalto a Hèlsinki i el 1949 entrà en contacte amb F.Ll.Wright a Taliesin, del qual també rebé influències. La seva obra parteix del funcionalisme escandinau, però se n'allunya pel fort expressionisme, que l’apropa al fantàstic. De l’any 1952 és la seva casa a Hellebäk, de planta oberta; el 1956 féu seixanta-tres cases de la ciutat Kingo, prop de Helsingör; el barri residencial de Frederiksberg, a Copenhaguen, és del 1959; el Banc Melli, a Teheran, i l’escola superior per a obrers, a Hojstrup, són del 1958. Durant aquests anys obtingué diversos premis a Suècia, però el que li donà renom internacional fou el fet d’haver guanyat el concurs per a la construcció de l’òpera de Sydney, situada al port de la ciutat, sobre una esplanada, amb una sèrie de cobertes de ciment que configuren una nova silueta de la ciutat i que foren molt controvertides i de costosa construcció. Obtingué també el concurs del Teatre Municipal per a Zuric (1964) i féu el museu del pintor A.Jorn, a Sylkerborg, Jutlàndia, amb diversos nivells soterrats. Fou també autor d’altres obres com el conjunt residencial a Fredensborg (1959-62), l’església de Bagsvaerd (1976), ambdues a Dinamarca, i de l’Assemblea Nacional de Kuwait (1985). Des del 1967, Utzon residí gairebé sempre a Mallorca. Primer ho féu a Porto Petro, on projectà una casa (Can Lis, 1973) com una embarcació petrificada sobre un penya-segat i que abandonà vint anys després afectat per l’excessiva lluminositat marítima. Després es traslladà a l’interior de l’illa on construí una altra residència, que anomenà Can Feliz (Felanitx, 1994), per passar els darrers anys en un ambient essencialista marcat pel pas del temps i la presència de la natura. El 2003 rebé el 25è premi Pritzker d’arquitectura.