D’origen humil i illetrat, treballà com a peó agrícola i ramader. Identificat amb la lluita del peonatge indi contra els hisendats, organitzà una partida de guerrillers (1909), s’uní a la revolta maderista i gràcies a la mobilització de les masses índies ocupà la ciutat de Cuautla. Després dels acords de Ciudad Juárez (1911), que reconegueren la dimissió de Porfirio Díaz, refusà de seguir el president Francisco León de la Barra, i, acorralat a les muntanyes de Puebla, tampoc no reconegué la presidència de Francisco I. Madero, a qui l’acusà de no aplicar la reforma agrària promesa en el pla de San Luis. Com a alternativa proclamà el pla d’Ayala (1911), que proposava un conjunt de mesures agràries radicals.
L’ofensiva del govern situà els agraristes en una posició difícil (1912), però l’assassinat de Madero i la guerra civil provocada per la contrarevolució del president Victoriano Huerta permeteren el rebrot de l’agrarisme a Morelos, sota la direcció de Zapata (1914), el qual rebutjà el pla de Guadalupe de Venustiano Carranza i s’alià amb Pancho Villa (convenció d’Aguascalientes). Creada la Sobirana Convenció Revolucionària, Zapata i Villa ocuparen la ciutat de Mèxic i acordaren el pacte de Xochimilco, en el qual Villa acceptà el pla d’Ayala de Zapata; però pel setembre del 1914 es trencà aquesta aliança, i les forces de Carranza aïllaren les de Zapata a Morelos. Zapata, que conservà el control de la Sobirana Convenció, refugiada a Jojulta (Morelos), instaurà un règim revolucionari a l’estat, on repartí les terres dels hisendats, aplicà la reforma agrària, creà una xarxa d’escoles, es preocupà de les obres públiques i encunyà moneda pròpia. Mentrestant, les forces federals estrenyeren el setge, que Zapata no aconseguí de rompre. Llavors féu una crida revolucionària a tots els treballadors i camperols mexicans; però aquests, atrets pel programa reformista de Carranza, refusaren de seguir Zapata.
El 1919 el coronel Jesús Guajardo es fingí un seguidor de Zapata i l’atragué a un parany, on fou assassinat. Immediatament sorgiren diverses llegendes sobre la seva mort, que tenien com a fons la creença popular del seu retorn. Diversos lloctinents de Zapata continuaren la resistència agrarista, però la repressió i l’aplicació de la reforma agrària per part del govern Carranza anaren eliminant els darrers focus de resistència. Més tard, la figura de Zapata fou reivindicada pels constitucionalistes.