Anomenada també més pròpiament microbiota intestinal, els gèneres més nombrosos són Escherichia, Lactobacillus, Proteus i Mycobacterium. Hom estima en més de 700 les espècies de bacteris que habiten a l’aparell digestiu humà, una tercera part de les quals són comunes a tots els individus de l’espècie humana i els dos terços restants tenen una composició específica per a cada individu. N'hi ha uns 100 bilions (10 vegades més que el nombre de cèl·lules del cos humà), que contenen entre 3 i 10 milions de gens diferents. Un bon nombre d’aquests microorganismes tenen una importància cabdal en les funcions d’absorció i excreció dels aliments, i la seva absència està associada a malalties i carències de gravetat diversa.
f
Biologia