Fou combatent durant la Segona Guerra Mundial i pertangué al sector resistent que fundà el 1941 el Partit Comunista Albanès (des del 1948 Partit del Treball). Membre del comitè central d’aquesta organització des del primer congrés, arribà a ser-ne primer secretari. Fou diputat de l’Assemblea del Poble i, a partir del 1982, president del presídium i cap d’estat.
Des del començament del seu mandat tendí a trencar l’aïllament imposat al país per Enver Hoxha i emprengué una política d’acostament cap als estats veïns. A partir del 1988 promogué la liberalització del règim, insuficient per a aturar la pressió popular i arran de les revoltes de final del 1990 i començament del 1991 hagué de legalitzar diversos partits i organitzacions i alliberar una part dels presos polítics. També inicià les relacions diplomàtiques amb Washington i Moscou i posà fi a més de 20 anys de prohibició de llibertat religiosa.
L’onada de refugiats albanesos cap a Itàlia al juny del 1991 obligaren a dimitir el primer ministre, Fatos Nano, i a convocar eleccions generals el 1992, que Alia perdé enfront Sali Berisha, del Partit Democràtic. A l’agost del 1993 fou condemnat a 12 anys de presó per malversació de fons d’ajuda italiana i el 1997 fou jutjat i absol dels càrrecs de genocidi i crims contra la humanitat.