El 1642, Olivares el nomenà lloctinent de Catalunya i general de l’exèrcit destinat a acudir al Rosselló. Quan s’hi dirigia, travessant el Penedès, fou derrotat a la Granada pels catalans i els francesos. A Montpeller, on restà fins al 1644, escriví una Geometría militar (Nàpols, 1671). Rescatat, fou educador del príncep Baltasar Carles, però, mort aquest (1646) caigué en desgràcia. El 1664 fou enviat com a ambaixador a Roma, i el 1666, com a virrei a Nàpols. Visqué fastuosament, embellí Nàpols i féu traslladar d’allí a Poblet les restes d’Alfons el Magnànim (1671). Altre cop a Madrid, presidí el consell d’Aragó. Gran benefactor de Poblet, donà al monestir nombroses relíquies, un bellíssim servei litúrgic funerari i la seva biblioteca, d’uns quatre mil volums, relligats en cordovà vermell amb les seves armes; també hi féu fer, entre d’altres obres, un campanar (1662) i les tombes d’Alfons el Magnànim i del seu germà l’infant Enric. Es titulà duc de Sogorb i de Cardona, en morir (1670) el seu nebot Joaquim. Fou conegut també amb el nom de Pere Antoni Fernández de Córdoba i Aragó.