Es llicencià a Barcelona el 1911. Establert a Figueres, a instàncies de l’oftalmòleg Francesc Agulló desenvolupà la preparació de la pomada oftàlmica a l’òxid groc de mercuri (fórmula de Pagenstecher), que obtingué una àmplia difusió arreu del món i li permeté desenvolupar una empresa farmacèutica familiar, especialitzada en productes oftàlmics. Traslladada l’empresa al Masnou, adquirí el 1921 l’apotecaria del monestir benedictí de Santa Maria la Real de Nájera (Logronyo), reinstal·lada al Masnou com a museu de farmàcia i medicina. El 1925 fundà els Laboratoris del Nord d’Espanya (els quals, després de la seva mort, reberen el nom de Laboratoris Cusí, SA), que dirigí amb el seu cosí Rafael i que arribaren a ser líders del sector oftalmològic a l’Estat espanyol. El 1995 l’empresa fou adquirida per Alcón, filial del grup Nestlé. El 1958 Joaquim Cusí ingressà a la Reial Acadèmia de Farmàcia de Barcelona. Fou també membre de la germandat de Poblet.