Es formà al Club Tennis Barcino, entrenat pel seu pare, Lluís Bruguera, i fou campió d’Espanya júnior el 1987. Debutà com a professional el 1988 i, un any desprès, aconseguí el primer títol internacional amb la victòria en el Challenger d’el Caire. El 1990 guanyà el Campionat de Catalunya i formà part de l’equip espanyol de Copa Davis, amb el qual disputà 23 partits fins el 1995. Els seus dos principals èxits foren els títols de Roland Garros (1993, 1994), on també fou finalista (1995, 1997), però també guanyà els tornejos d’Estoril (1991), Montecarlo (1991, 1993), Atenes (1991), Madrid (1992), Gstaad (1992-94), Palerm (1992), Praga (1993, 1994), Bordeus (1993) i Segòvia (2000). Totes aquestes victòries, a excepció de la de Bordeus, les aconseguí sobre terra batuda. El maig del 1991 se situà com a cinquè jugador del rànquing mundial després de les victòries en els tornejos d’Estoril, Montecarlo i Atenes. A partir d’aquell moment fou considerat, juntament amb el nord-americà Jim Courier, el millor especialista de terra batuda de l’ATP. La seva millor classificació en el rànquing mundial l’obtingué l’1 d’agost de 1994, moment en què fou el tercer jugador de la classificació de l’ATP. Durant sis anys (1993-98) es mantingué sempre entre els deu millors del món. Participà en els Jocs Olímpics de Barcelona (1992) i Atlanta (1996), on assolí la medalla d’argent.
Rebé el premi Comeback Player of Year de l’ATP el 1997 i el 2001, any que anuncià la seva retirada. Posteriorment, fundà una escola de tennis per a discapacitats psíquics a la Vall d’Hebron de Barcelona i passà a codirigir amb el seu pare la Bruguera Tennis Academy, a Santa Coloma de Cervelló. L’any 2018 assumí el càrrec de capità de l’equip espanyol de Copa Davis.