D’ètnia ovambo, treballà com a obrer ferroviari a Windhoek i el 1959 creà el Moviment d’Alliberament d’Ovamboland, precedent de l’Organització Popular del Sud-oest d’Àfrica (SWAPO), del qual esdevingué el líder indiscutit. Exiliat el 1960, retornà al seu país, on el 1963 fou arrestat per agents sud-africans i deportat a Zàmbia el 1969. President del país ja en l’assemblea constituent del 1990, revalidà el càrrec en les successives eleccions. El seu mandat, lloat per l’estabilitat i per una relativa prosperitat, fou, tanmateix, acusat de tendències autoritàries: el 1999 esmenà la constitució per tal de concórrer a un tercer mandat, valorà positivament la redistribució de terres de Mugabe a Zimbàbue i ell mateix impulsà un pla semblant, bé que molt menys coactiu en les formes. No es presentà a les eleccions del novembre del 2004, en què fou succeït en el càrrec per Hifikepunye Pohamba, ministre de l’anterior govern. Després de deixar la presidència de Namíbia, Nujoma continuà presidint la SWAPO, fins l’any 2007, que fou substituït per Hifikepunye Pohamba.