La seva creació fou molt polèmica, ja que el govern autonòmic segregà les facultats de medicina, biologia i estadística de la Universitat d’Alacant per passar-les a aquesta universitat, malgrat l’oposició del centre alacantí i de gairebé totes les universitats de la resta de l’estat. El curs 2005-2006 oferia 36 titulacions distribuïdes en set centres docents: l’Escola Politècnica Superior d’Elx, l’Escola Politècnica Superior d’Oriola, la facultat de ciències socials i jurídiques d’Oriola, la facultat de belles arts, la facultat de ciències socials i jurídiques d’Elx, la facultat de ciències experimentals i la facultat de medicina. La seu central de la universitat és situada a la ciutat d’Elx i s’estructura en quatre campus: Altea, Elx, Oriola i Sant Joan d’Alacant.