Té com a objectiu principal el control de la inflació i, per consegüent, el manteniment del poder adquisitiu de l’euro. Estableix, a més, les grans línies de la política monetària i autoritza els bancs centrals dels estats membres que han adoptat l’euro a emetre moneda, dirigeix les operacions de canvi de la zona euro i supervisa les reserves dels estats membres i el seu estat financer. D’altra banda, el BCE pot adquirir deute dels estats membres amb la finalitat d’impulsar-ne l’economia.
La creació del BCE culminà el procés de la Unió Econòmica i Monetària de la Unió Europea iniciat el 1990. Aquest procés es dividí, d’acord amb l’anomenat informe Delors, en tres fases, la primera de les quals consistí en l’eliminació de les restriccions de moviments de capitals entre els estats membres de l’aleshores Comunitat Econòmica Europea i l’establiment del Comitè de Governadors de Bancs Centrals per a coordinar les polítiques monetàries.
En el Tractat de Maastricht, hom establí les directrius del Sistema Europeu de Bancs Centrals. La creació, el 1994, de l’Institut Monetari Europeu (IME) marcà l’inici de la segona fase de la unió monetària, amb la desaparició del Comitè de Governadors, les funcions del qual eren traspassades i reforçades per l’IME.
El 2 de maig de 1998 la Comissió Europea feu públics els estats que complien els requisits per a accedir a la moneda única (euro) l’1 de gener de 1999. El 25 de maig de 1998 els estats membres de la UE nomenaren el primer president —l’holandès Willem Frederik Duisenberg—, el vicepresident i els quatre membres del comitè executiu del Banc Central Europeu.
Amb l’entrada en vigor del Banc Central Europeu i la consegüent dissolució de l’IME, hom donà per començada la tercera i última etapa de la unió política i monetària. El novembre del 2003, Jean-Claude Trichet en fou nomenat president per un període de vuit anys. Fou substituït en el càrrec per Mario Draghi l’1 de novembre de 2011, que exercí fins l’1 de novembre de 2019, succeït per Christine Lagarde.
La crisi financera mundial iniciada l’any 2008 comportà l’aprovació d’un pla de rescat per a les finances de Grècia, Portugal i Irlanda, països amb un deute públic que no podien afrontar, amb l’objectiu d’evitar l’enfonsament de l’euro. L’ampliació d’aquest fons a Espanya i Itàlia en forma de compra de deute públic donà lloc a la primera crisi important de la institució quan, el setembre del 2011, dos membres del Consell de Govern del BCE, un dels quals era l’economista en cap de la institució, Jurgen Stark, dimitiren en oposar-se a aquesta mesura.
El desembre d’aquest mateix any, per tal d’evitar l’estroncament del crèdit en el sistema bancari i estimular l’activitat econòmica, el BCE arribà a un acord amb alguns dels principals bancs centrals del món, entre els quals hi ha la Federal Reserve System dels EUA i els bancs centrals de la Gran Bretanya, el Canada, el Japó i Suïssa, per a injectar liquiditat en dòlars en el sistema financer mundial. La crisi afectà especialment diversos països de la zona euro. Per tal de preservar l’euro i estimular el creixement, des de la presidència de Mario Draghi el BCE impulsà i mantingué uns tipus d’interès excepcionalment baixos (per sota de l’1% des del 2012 i per sota del 0% a partir del març del 2016). Així mateix, Draghi activà la compra massiva de deute, la injecció de liquiditat coneguda com expansió quantitativa, el rescat d’entitats bancàries i la d’alguns països com Grècia.
El novembre del 2014 entrà en vigor el Mecanisme Únic de Supervisió Bancària, un dels pilars de la Unió Bancària Europea, amb la qual es reforçaven les funcions reguladores, supervisores i d’intervenció del BCE, en detriment de les competències dels bancs centrals europeus.