Erigida canònicament el 1968 amb el nom de Facultat de Teologia de Barcelona, fou promoguda a partir de la Facultat de Teologia dels jesuïtes i del Seminari Conciliar de Barcelona, divisió que es conservà fins el 1984 amb l’existència de dues seccions amb organització i activitats autònomes: la de Sant Francesc Borja, a Sant Cugat del Vallès, i la de Sant Pacià, a Barcelona. El 1986 canvià l’apel·latiu de Barcelona pel de Catalunya. N'és gran canceller l’arquebisbe de Barcelona i vicegran canceller el provincial dels jesuïtes catalans. Manté una estreta relació amb la Facultat Eclesiàstica de Filosofia de Catalunya, institució que es fa càrrec de les disciplines filosòfiques necessàries per a l’estudi de la teologia. Té incorporats dos instituts capacitats per a conferir graus superiors: l’Institut de Teologia Fonamental, regit per professors de la companyia de Jesús, amb seu al Centre Borja de Sant Cugat del Vallès, i l’Institut de Litúrgia, creat pel Centre de Pastoral Litúrgica de Barcelona. Altres institucions docents vinculades de manera diversa a la Facultat de Teologia de Catalunya són: l’Escola Universitària de Formació de Professors de Religió, el Centre d’Estudis Teològics de Mallorca, l’Escola de Ciències Socials de l’Institut Catòlic d’Estudis Socials de Barcelona, l’Institut de Teologia de Barcelona, l’Institut de Teologia de Tarragona, l’Institut de Teologia de Girona, el Centre de Pensament Cristià de Manresa, l’Escola de Teologia de Tàrrega i el Centre d’Estudis Pastorals. El jesuïta i biblista Josep-Oriol Tuñí i Vancells, que havia estat provincial de la companyia a Catalunya, fou nomenat, l’any 2000, degà de la Faculat de Teologia de Catalunya. Succeí en el càrrec l’historiador Joan Busquets, que l’ocupà durant sis anys. Cal destacar l’actualització de l’Arxiu de Textos Catalans Antics (ATCAT) i que la facultat ofereix el curs de capacitació pedagògica per a professors de Religió (DEI). Els alumnes tenen una revista pròpia, ‘Teofil’.