Aliat electoral de Jelcin el 1991, se n'anà distanciant i donà suport al parlament quan a l’octubre del 1993 Jelcin dissolgué el legislatiu. Ruckoj, que aleshores era vicepresident de la Federació Russa, fou condemnat a presó, però es beneficià d’una amnistia decretada per la Duma i sortí en llibertat al febrer del 1994. Participà en les eleccions legislatives del desembre del 1995 al capdavant de la formació Derjava, que no aconseguí cap escó. En les eleccions presidencials del juny del 1996 donà suport a la candidatura comunista de Gennadij Zjuganov. A l’octubre del 1996 fou elegit governador de Kursk després de guanyar les eleccions en aquesta regió, la seva terra natal, on aconseguí el 78,9% dels vots.