Vinculat professionalment a la banca, s’afilià al Partit Nacionalista Basc i exercí com a tinent d’alcalde de la seva ciutat del 1987 al 1991. Fou també apoderat de les Juntes Generals de Biscaia. Del 1991 al 1998 fou conseller de l’Interior del govern basc i dirigí l’Ertzaintza en la lluita contra ETA i contra l’entorn que li donava suport. El 1998 fou nomenat president del Parlament basc. En aquest càrrec, el maig del 2003 es negà a executar l’ordre del Tribunal Suprem de dissoldre el Sozialista Abertzaleak (considerat hereu d’Herri Batasuna ), motiu pel qual el Tribunal Superior de Justícia del País Basc cursà una denúncia de processament a Atutxa per desacatament, posteriorment arxivada, i reoberta i finalment rebutjada el 2005 pel mateix Tribunal, que dictà sentència d’absolució. El maig del 2005, després dels successius empats per a designar el president de la cambra, Atutxa renuncià a la candidatura. Es presentà en el seu lloc Kontxi Bilbao, que fou elegida amb els vots en blanc del PSOE-PSE. El 2006, el Tribunal Suprem anul·là l’absolució del 2005 del Tribunal Superior de Justícia del País Basc i el gener del 2008 el condemnà a dos anys d’inhabilitació i a una multa per un delicte de desobediència, juntament amb els dos altres antics membres de la mesa del Parlament basc, Kontxi Bilbao i Gorka Knorr. El juny del 2017, el Tribunal Europeu de Drets Humans sentencià a favor d’Atutxa, Bilbao i Knörr, que havien recorregut la inhabilitació, contra els tribunals espanyols per considerar que el procés no s’havia celebrat amb garanties i que no havien reconegut la personalitat jurídica dels encausats (recollida a la declaració dels drets humans). L’octubre del 2019 el Tribunal Suprem anul·là la condemna a Atutxa.