Pertanyent a la petita ètnia papel i de professió electricista, vers el 1960 s’uní al Partido Africano da Independência da Guiné e Cabo Verde (PAIGC) d’Amílcar Cabral i lluità a la guerrilla contra la colonització portuguesa. El 1972, ja convertit en un líder del partit, fou nomenat president de l’Assemblea Popular, constituïda contra l’administració colonial. Assolida la independència (1974), el 1978 fou nomenat primer ministre sota la presidència de Luis Cabral. El 1980 donà suport al cop d’estat militar que enderrocà Cabral, i presidí la junta que prengué el poder. Enfrontat, tot i això, a bona part de l’exèrcit, aconseguí evitar les conspiracions i els intents de cop d’estat amb una dura repressió l’any 1985. Des de mitjan anys vuitanta abandonà gradualment el socialisme i introduí l’economia de mercat. Respongué a l’onada democratitzadora de primers anys noranta amb la derogació de la prohibició dels partits polítics i convocant eleccions generals el 1991. Celebrades el 1994, aconseguí ser elegit president al capdavant del PAIGC. El 1988, amb motiu del cessament d’un general acusat de contraban d’armes amb els rebels de la Casamance, al Senegal, tingué lloc una rebel·lió militar que precipità la seva fugida del país el 1999. Exiliat fins el 2005 a Lisboa, després del cop d’estat del 2003 tornà a Guinea-Bissau on fou elegit president. Una economia en fort declivi, la penetració del narcotràfic llatinoamericà al país i, sobretot, l’enfrontament amb el cap de les forces armades Batista Tagme na Waie (al qual havia destituït els anys vuitanta), precipità el conflicte. Al novembre del 2008 fou objecte d’un intent d’assassinat, al qual respongué amb una purga de caps de l’exèrcit. Un dia després de l’assassinat de na Waie, Vieira fou mort per un escamot de soldats.