Net d’un destacat oficial de l’Exèrcit Roig esdevingut escriptor de renom i fill d’un oficial de la marina soviètica, el 1978 es graduà en economia. Afiliat al PCUS el 1980, ocupà càrrecs en diverses institucions econòmiques i fou editor de la secció d’economia de Kommunist, influent periòdic oficialista. El 1991 abandonà el Partit Comunista i, sota la presidència de Boris Jelcin, fou primer vicepresident del govern (novembre-febrer 1991), ministre d’economia (novembre de 1991 - abril de 1992) i primer ministre en funcions de juny al desembre de 1992, càrrec que hagué de cedir a Viktor Cernomyrdin en oposar-se el parlament a la seva confirmació, però aquest el nomenà viceprimer ministre al setembre de 1993. En la crisi del mes següent que desembocà en l’enfrontament entre el parlament i el president rus, Gajdar feu costat al president Jelcin. Posteriorment, en les eleccions de 1994 encapçalà el partit liberal Opció Rússia (que presidí fins el 2001), pel qual fou diputat fins el 1995, i novament en 1999-2004.
Fou també professor en universitats nord-americanes i membre destacat d’organitzacions acadèmiques i polítiques. Director de l’Institut per a l’Economia en Transició, és considerat l’artífex de l’anomenada “teràpia de xoc” que introduí l’economia de mercat a Rússia. Les seves mesures foren controvertides i impopulars: hom li retreu haver afavorit la hiperinflació i l’atur, però també es considera que salvà Rússia de la fallida total. S’oposà públicament a la renacionalització de l’economia impulsada pel govern de V. Putin, al qual acusà d’un intent d’enverinar-lo l’any 2006. És autor de diversos llibres sobre economia i política a Rússia.