D’ètnia ioruba i cristià, es formà en escoles militars de la Gran Bretanya i ingressà a l’exèrcit nigerià l’any 1958, on inicià una llarga carrera. L’any 1976 accedí a la presidència de Nigèria després de la mort del president Murtala Ramat Mohammed, assassinat en una temptativa de cop d’estat. Seguint la voluntat del seu antecessor, Olusegun Obasanjo intentà impulsar la instauració d’un poder civil i la transició a la democràcia. Adoptà una constitució de caràcter presidencialista i facilità el sorgiment de partits polítics. L’any 1979, fou substituït en el càrrec per Aliyu Shagari, del National Party of Nigeria (NPN). Es retirà de la vida política activa i de l’exèrcit, i es dedicà a l’agricultura. L’any 1989, fou nomenat assessor especial de l’Institut Internacional d’Agricultura Tropical. El 1999 es presentà a les eleccions presidencials com a candidat del People's Democratic Party (PDP). Amb el 62,78% dels vots, es convertí per segona vegada en el president de Nigèria (maig del 1999) i posà fi a setze anys de règim militar. El seu primer any de mandat estigué marcat per importants problemes socials i polítics que dificultaren la seva tasca de govern. Les tensions religioses i interètniques causaren milers de morts i els conflictes polítics entre el poder executiu i el legislatiu provocaren retards en l’adopció d’importants projectes de llei que havien de facilitar la transició a la democràcia. En les segones eleccions legislatives i presidencials (abril del 2003), Obasanjo i el seu partit foren confirmats en el poder enmig d’acusacions de frau de l’oposició. Aquest segon mandat es caracteritzà per atacar la corrupció forçant la dimissió i l’arrest de diversos alts càrrecs, mesures que el feren topar sovint amb el poder judicial, tot i que ell mateix fou també acusat de corrupció. Aconseguí també la cancel·lació d’una part important del deute extern i el pagament de la resta (2005-2006). En els conflictes interètnics i interreligiosos, en canvi, no aconseguí avenços substancials. L’any 2007 fracassà en la temptativa d’esmenar la constitució per a optar a un tercer mandat. A l’abril el succeí en el càrrec Umaru Yar'Adua.