En una primera etapa, que va fins al final dels anys seixanta, tingué escassa incidència pública i edità la revista Ibiza i obres d’Isidor Macabich, Enric Fajarnés i Antoni Costa, entre d’altres. Al principi dels anys setanta, un grup de joves eivissencs, entre els quals hi havia Isidor Marí Mayans i Josep Marí Marí, aconseguiren de l’ajuntament d’Eivissa i dels anteriors directius que en fessin el traspàs de funcions, i s’inicià així una nova etapa en la qual la conservació del patrimoni eivissenc constituí l’objectiu prioritari. De llavors ençà han estat molts i variats els llibres publicats per l’Institut, i moltes les activitats de dinamització de la cultura catalana. Entre els guardons rebuts per l’Institut d’Estudis Eivissencs hi ha el premi Savina del Grup d’Estudis de la Naturalesa (GEN) (1989), la Creu de Sant Jordi de la Generalitat de Catalunya (1992) i el premi Francesc de Borja Moll de l’Obra Cultural Balear (1990).