Té com a objectiu l’avaluació, l’acreditació i la certificació de la qualitat en l’àmbit de les universitats i dels centres d’ensenyament superior de Catalunya (ensenyaments, professorat, centres i serveis), amb la finalitat de garantir la qualitat de l’educació superior d’acord amb estàndards europeus de qualitat, i proporcionar als agents de l’educació superior criteris i referents per assolir-los en el desenvolupament de les seves funcions.
AQU Catalunya és membre fundador (2000) i membre de ple dret (2008) de la xarxa europea d’Agències, ENQA, ha estat una de les tres primeres agències a ser inclosa (2008) en el Registre Europeu per a l’Assegurament de la Qualitat en l’Educació Superior (EQAR), forma part (2009) del Consorci Europeu per a l’Acreditació en Educació Superior (ECA), i esdevingué la primera agència de qualitat certificada amb la norma ISO 9001 (2000).
AQU Catalunya té el seu origen en l’Agència per a la Qualitat del Sistema Universitari a Catalunya, que constituïda el 29 d’octubre de 1996 fou la primera agència de qualitat que es va crear a l’Estat espanyol, amb l’objectiu de promoure la qualitat i la millora contínua del sistema universitari català. Amb l’aprovació de la Llei d’Universitats de Catalunya, el 19 de febrer de 2003, es va transformar el consorci en l’actual Agència.