Fou fundat amb el nom d’Institut d’Estudis Superiors de l’Empresa com a escola de postgrau en direcció d’empreses de la Universitat de Navarra. Té confiats els aspectes doctrinals i espirituals de la seva activitat formativa a la prelatura de l’Opus Dei. El mateix any de la seva creació posà en marxa el programa avançat de direcció i l’any següent el de desenvolupament d’executius i el de formació contínua. El 1963, en aliança amb la Harvard Business School (HBS), inicià el programa màster de dos anys en economia i direcció d’empreses (MBA), reconegut internacionalment, el primer impartit a Europa. El 1974 obrí un campus a Madrid, on el 1981 començà a impartir l’anomenat MBA executiu. Té també campus a São Paulo (2000), Nova York (2007) i Munic (2015).
Des de la seva fundació, més de 15.000 consellers delegats, alts directius i presidents de les principals companyies establertes a Espanya han assistit als seus programes formatius, considerats entre els millors dels que es fan a les escoles de negocis del món. Una de les característiques del seu sistema educatiu és l’ensenyament per casos, similar al que utilitza la Harvard Business School, als Estats Units. Al voltant d’uns 50.000 alumnes de l’IESE treballen en setanta països de tot el món.